Seriál Fallout vypráví příběh světa, který se dvě stě let po jaderné válce stále odmítá složit. Na povrchu zůstala jen Pustina plná násilí, podivných pravidel, starých technologií a lidí, kteří se naučili přežívat za každou cenu. Pod zemí mezitím dál existují Vaulty — luxusní protiatomové kryty, které měly zachránit vybranou část obyvatelstva. Jenže jak už to ve Falloutu bývá, za čistými stěnami a úsměvy Vault-Tecu se skrývá mnohem temnější pravda.
První série sleduje především Lucy MacLean, obyvatelku Vaultu 33, která je nucena opustit bezpečí domova a vydat se do neznámého světa na povrchu. Lucy vyrůstala v přesvědčení, že svět má jasná pravidla, lidé by měli být slušní a problémy se dají řešit rozumně. Pustina ji velmi rychle vyvede z omylu. Každý krok ji nutí přehodnocovat všechno, čemu věřila — od vlastní rodiny až po samotný smysl Vaultů.
Vedle Lucy se rozvíjí příběh Maximuse, člena Bratrstva oceli, který touží po uznání a lepším místě ve světě. Jeho cesta ukazuje Bratrstvo jako organizaci plnou rituálů, disciplíny, techniky, ale i strachu, ambicí a pokrytectví. Maximus není klasický hrdina v zářivé zbroji. Je nejistý, často zmatený a občas dělá špatná rozhodnutí, což z něj dělá jednu z lidštějších postav celého seriálu.
Třetí důležitou linkou je Ghoul, dříve známý jako Cooper Howard. Před válkou byl slavnou tváří americké zábavy a propagandy, po válce se z něj stal cynický lovec odměn, který přežil dvě století v nejhorších podmínkách. Jeho příběh propojuje současnou Pustinu s dobou před pádem bomb a postupně odhaluje, jak blízko měl starý svět ke katastrofě ještě předtím, než skutečně skončil.
První série tak není jen cesta za uneseným otcem. Je to příběh o rozpadu iluzí. Lucy poznává, že Vaulty nebyly jen bezpečné úkryty, Maximus zjišťuje, že hrdinství vypadá jinak než v představách, a Cooper Howard připomíná, že největší monstra někdy nevznikla radiací, ale rozhodnutími lidí dávno před válkou. Finále první série odhaluje zásadní pravdy o Vault-Tecu, Hankovi MacLeanovi, Shady Sands i minulosti celé Pustiny a otevírá cestu k New Vegas.
Druhá série přímo navazuje na události první řady a posouvá děj směrem do Mojave. Lucy a Ghoul pokračují v pátrání po Hankovi, jehož útěk vede k jedné z nejikoničtějších oblastí celého Fallout univerza — New Vegas. Zatímco první série představila svět seriálu hlavně skrze Vaulty, Los Angeles, NCR a Bratrstvo oceli, druhá série rozšiřuje mapu o Mojave, kasina, staré mocenské hry a nové frakce.
New Vegas není jen další město v Pustině. Je to symbol světa, který se po konci civilizace pokusil zachovat vlastní lesk, pravidla a iluzi pořádku. Neony, kasina a zbytky předválečného luxusu zde stojí proti špíně, násilí a politickému chaosu Mojave. Právě tento kontrast dělá z druhé série přirozené pokračování příběhu: po odhalení pravdy o Vault-Tecu přichází otázka, kdo vlastně drží moc nad světem, který měl dávno skončit.
Druhá série dál rozvíjí vztah Lucy a Ghoula. Oba jsou v mnoha ohledech protiklady — Lucy si i přes všechno drží zbytky víry v dobro, zatímco Ghoul už dávno přijal Pustinu jako místo, kde přežije jen ten, kdo se přizpůsobí. Jejich společná cesta ale ukazuje, že ani jeden z nich nemá celý obraz. Lucy se učí tvrdosti a Ghoul je znovu konfrontován s minulostí, kterou se snažil pohřbít.
Zároveň se vrací i širší otázky, které Fallout řeší od začátku: kdo má právo rozhodovat o budoucnosti lidstva, jestli se starý svět vůbec dá obnovit a zda by to nakonec nebyla ta nejhorší možnost. Mojave do toho přináší další mocenské hráče, nové konflikty a stopy civilizací, které se po válce pokusily postavit vlastní verzi pořádku.
Příběh seriálu Fallout tak postupně skládá mozaiku světa, kde minulost nikdy doopravdy nezmizela. Vault-Tec, Enkláva, Bratrstvo oceli, NCR, New Vegas i jednotlivé osudy Lucy, Maximuse a Coopera ukazují různé odpovědi na stejnou otázku: co zůstane z lidstva, když se zhroutí všechno, co ho drželo pohromadě?